 |
|
H.pylori
Bakterisindeki CagE
Geninin Ülser Üzerindeki Etkisinin Türkiye Popülasyonunda Değerlendirilmesi
(Fatih Mehmet İPEK* , Murat AKDENİZ**)
1.Giriş CagE geni patojenik adadaki diğer genlere oranla (örneğin cagA,cagB, cagT) peptik ülser ve gastirit kanserine daha yüksek yüksek neden olan bir potansiyel etken teşkil etmektedir. Son yapılan araştırmalarda cagE pozitif gen uzantısının çocuklarda peptik ülsere neden olan başlıca etken olduğu saptanmıştır. Genel dünya populasyonunun 60% dan fazlasının midelerinde H.pylori kolonisi bulunmaktadır. Farklı klinik bilgiler doğrultusunda H.pylori enfeksiyonunun yetişkinler üzerindeki en yüksek enfeksiyon oranı kronik gastiritte, 10-15% peptik ülsere ve çok küçük bir oranda gastirit kanseri ve dudenal kansere neden olduğu sonuçlarına varılmıştır. Yine yapılan klinik araştırmalar sonucunda H.pylori’nin patojenik gen adasındaki farklı gen uzantılarının hastalarda farklı etkileri olduğu belirlenmiştir. Batılı ülkelerde cagE pozitif uzantısının ciddi dudenal kanseri ve gastirit mukoza yanmasına neden olduğu,fakat bu durumun doğulu ülkeler için farklı olduğu sonucuna normal yada hafif gastirid hastalarda bile cagE geninin bulunmasıyla varılmıştır. Bizde araştırmamızda H.pylori patojenik adasındaki cagE geninin midelerinde rahatsızlık şikayeti olan Türk hastalardan alınan endoskopik biopsiler kullanarak PCR (polimerase chain reaction) yöntemiyle saptamayı ve hastalarımızın doğu yada batı bloğundan hangisi içinde olduğunu ve ayrıca cagE geninin H.pylori patojenik adasının işaretçisi olma olasılığını saptamayı amaçladık.
2.Materyal & Metod 2.1 H.pylori kültürü oluşturulması Biopsi örneği seçici agar petrilerde (7% laysis olmuş at kanı) 37°C 4-7 gün süreyle microaerobik ortamda (80% N2 , 15% CO2, 5% O2) inkübasyon olur. H.pylori bakterilerinin oluşan kolonileri 2-3 gün içinde izole edilir ve genomik DNA’sı fenol-kloroform isomilalkol ve ethanol ile çökertme yoluyla extraksiyonu yapılır. 2.2 Genomik DNA hazırlanışı
PCR’de saf cagE geninin elde edilmesi
için belirli gen bölgelerini kesen primerler kullanılır. PCR toplam
50µ distile suya 10x PCR tampon çözeltisi (50mmol KCl, 10 mmol Tris-HCl
pH=9.0) eklenir ve 1.5 MgCl2 ,0.2 mmol deoksinükleotid ve 1µ Tag DNA
polimeraz enzimi konulur. PCR ise 10 dakika 95°C’de ön açılımın ardından
35 siklus; 30 saniye 95°C’de, 30 saniye 50°C’de, 1 dakika 72°C’de
döner ve ardından en son inkübasyonu 72°C’de 10 dakika gerçekleştirir.
4°C’de hazır olarak beklemeye getirilir. Elde edilen PCR ürünü cagE
gen uzantıları ethidium bromide 15% agaroz jel elektroforezinde yürütülür
ve ardından son olarak jel UV ışığında gözlemlenir.
3.Sonuç
*
Fatih Üniversitesi , Biyoloji Bölümü , 3. Sınıf Öğrencisi
|
